海南礦業股份有限公司黨委下設二級黨組織5個（其中：黨委3個，直屬黨支部2個），三級黨委8個，黨支部35個。截止2025年4月，黨員總數1120人。
海南礦業黨委始終堅持以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，堅持黨的領導，認真貫徹落實黨的路線方針政策，落實海南省委、省國資委黨委的各項工作部署，切實發揮黨委"把方向、管大局、保落實"的政治引領作用，全面加強黨的思想建設和組織建設，保持政治思想教育和黨組織機構全覆蓋，把黨建工作貫穿于企業生產運營與企業發展建設之中，通過卓越黨建引領，賦能企業發展，實現相互促進相互提升，推動企業可持續高質量發展。
海南礦業股份有限公司工會委員會(簡稱海礦工會) 屬海南省機械能源石化醫藥工會，二級工會組織5個，三級工會組織38個，專兼職工會干部9人，職代會職工代表138人;現有會員2626人，職工入會率達99%以上。同時，海礦工會設立經費審查委員會和女職工委員會。
海礦工會在公司黨委的領導下，堅持黨建帶工建、工建促黨建，提升組織凝聚力、戰斗力。海礦工會不斷強化以"職代會"制度為核心的民主管理工作，以勞模創新工作室為平臺，圍繞生產經營實際廣泛開展勞動和技能競賽，推進專業技術人才和先進典型培養工作;持續開展"愛心助學""大病救助""職工醫療互助"等員工關懷活動，開展豐富的文體活動，致力提升廣大員工的收獲感、幸福感和歸屬感。
共青團海南礦業股份有限公司委員會下設直屬公司總部機關團支部和1個二級團委(石碌鐵礦分公司團委)，其中，石碌鐵礦分公司團委下設生產輔助團支部和生產團支部。公司團委現有團員90人，管理35周歲以下青年314人。
公司團委結合公司實際和青年特色，為公司青年員工搭建成長平臺，開展一系列豐富多彩的青年活動，一批有理想、有專業、有激情、有朝氣的年輕人走到企業管理的前臺。
